對于生物3D打印而言，目前的核心難點包括：

一是精確控制多種細胞沉積到指定位置，以更好的模擬實際組織結構。由于生物墨水是一種典型的水凝膠類軟材料，打印中的變形控制、打印后結構適宜強度的保持、細胞外基質(zhì)結構的營造等都對這個制造過程提出了很大的挑戰(zhàn)；

二是組織打印“成型”后，如何對細胞輸送營養(yǎng)，實現(xiàn)初步的體外培養(yǎng);器官內(nèi)部所遍布的血管網(wǎng)絡是維系器官活性的根本，也是打印的器官從mm級尺寸到cm級尺寸所必須的環(huán)節(jié)，打印時必須要構造出有效的營養(yǎng)輸送通道網(wǎng)絡。

三是培養(yǎng)過程中，如何調(diào)控培養(yǎng)環(huán)境使得獨立的細胞個體融合成功能性組織。目前打印的組織結構，主要還是形似，神似還有較大距離。也就是說打印后細胞間如何能彼此融合，建立起cross-talking，從而具備真實器官的功能，目前還只是走了萬里長征的一小步。